花蓮港是「洄瀾港」的諧音。清朝嘉慶十七年（西元1812年），部份漢人開始從宜蘭移墾，見岸際溪水日夜奔注，時刻與海浪衝擊而形成縈迴的狀態，遂稱之為「洄瀾港」。「洄瀾港」諧音為「花蓮港」則見於清同治十三年（西元1874年），沈葆楨奏請開後山路、設撫墾委員：「分東台為三路，以總兵吳光亮辦之。南為卑南，中為璞石閣，北為花蓮港。」又：「木瓜最悍，以窮來源，乃以宣武左右兩軍，分成東澳、大南澳、大濁水、得其黎、新城、加禮宛、花蓮港、吳全城等，以備不虞。」花蓮港之名由此而來。
在台灣日治時期，1931年蘇澳鎮與花蓮港間道路修築完成（現今蘇花公路，為台9線的一段），使得花蓮港與台灣北部地方的陸路聯繫為之暢通，然而在貨物的運輸仍未見方便。台灣總督府認為此問題未能解決，東台灣的運輸設施仍無法臻至完備，對地方開發仍存在極大的障礙。
因此，自同年度起8年之間，以總經費742萬日圓開始修築花蓮港街（米崙，現名花蓮美崙）的商港，1939年完成了三座碼頭，可供3000噸級貨輪停泊。1940年東部水力發電完成，計畫大量設立鋁業、電氣、氮氣、金屬精煉等臨港工業，擴建港口殊感需要，乃以500萬日圓開始第二期築港工程，預定於1944年竣工，但因太平洋戰爭關係，工程無形停頓。
花蓮港距太平洋主航道僅需二個小時，而太平洋主航道是世界航運最頻繁之航道，就由此可見其重要性了。而花蓮港的存在對於花蓮經濟有著重要的地位，許多位於花蓮的大企業均是因有花蓮港而設於此，如中華紙漿廠、台灣水泥、亞洲水泥及不少的大理石材廠等，足以顯示海洋運輸的便利。這也直接、間接的對增加花蓮人的就業機會有著極大的貢獻。
花蓮港從戰後初期的滿目瘡痍，每年裝卸量只有幾十萬噸，進港船隻只有幾百艘，直到公元2000年為止，每年裝卸量已有一千七百多萬噸，進港船隻已達兩千餘艘的營運情形；從虧損到盈餘，達成帶動台灣東部經濟的任務，並成為國際聞名的商港，可說是穩健進步。目前配合政府執行「東砂西（北）運」政策，紓解北部地區砂石短缺的問題，但近年來由於鄰近的位於秀林鄉和平村的和平水泥專用港開始營運，花蓮港的運量則開始略有衰退。
在2001年與日本石垣港締結為姊妹港。